| TCGA&GEO高通量数据挖掘分析实操强化培训课 | |||
| 时间安排 | 课程表 | 介绍 | |
| 第一天夜间 | 19:00-20:30 | 生信简介 | 生物信息介绍 |
| 高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。 | |||
| 经典生信SCI文章的解读，了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路。 | |||
| 20:30-20:45 | 休息 | ||
| 20:45-22:00 | TCGA数据库 NCBI GEO数据库 |
TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介) | |
| TCGA数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据） | |||
| GEO数据库介绍： 数据量最大的高通量公共数据库。 | |||
| GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。 | |||
| 第二天上午 | 8:30-10:00 | R语言学习 | R软件与Rstudio软件下载、安装、界面。 R语言基础：元素、向量、矩阵、数组 R语言函数：计算函数、统计函数等 R语言路径确认及修改 R语言文件（图、表）的导入和导出 |
| 10:00-10:20 | 休息 | ||
| 10:20-12:00 | R语言学习 | R语言包：包的下载安装 R语言：差异分析limma包使用、火山图制作 |
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| 12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
| 第二天下午 | 13:30-15:00 | TCGA相关的下载工具 | TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载 TCGA数据书库癌症数据的处理，获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。 |
| 15:00-15:20 | 休息 | ||
| 15:20-17:30 | TCGA相关的分析工具 | TCGA数据分析——突变分析、差异分析、关联分析、生存分析、miRNA调控靶基因分析等。 Cbioportal数据库学习 R语言做生存曲线KM图（批量） |
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| 17:30-19:00 | 晚餐 | ||
| 第二天夜间 | 19:00-22:00 |
数据的后续高级分析工具实战 | DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析 |
| 通路map图构建 | |||
| 聚类热图制作 R语言pheatmap包做聚类热图 |
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| 蛋白与蛋白互作分析（PPI）——STRING数据库 | |||
| 第三天全天 | 8:30-12:00 | 数据的后续高级分析工具实战 | cytoscape软件（上）：网络图构建与美化 |
| cytoscape软件（下）：插件使用 | |||
| GSEA软件的实操：全基因集富集分析 | |||
| 12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
| 13:30-16:00 | 思路讨论 | 基于GEO数据库多套数据整合（meta）分析思路演练 | |
| 基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练 | |||
| 基于TCGA的甲基化与转录组整合分析思路演练 | |||
| 基于TCGA的基因组与转录组整合分析思路演练 | |||
| 串讲 | 思路大串讲 | ||
| 备注：讲师使用windows10系统讲解，建议携带同样系统的电脑 | |||
| 上课软件为：Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio | |||
通过本次课程，您可以学会以下作图（包括但不限于）：
示例图 聚类热图分析
示例图 网络图
示例图 关键基因的KM生存曲线图
示例图关键基因的KM生存曲线图
示例图 venn图
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《TCGA&GEO高通量数据挖掘分析实操强化专题培训》
”临床医生听得懂、学得会，科研人员亦有收获“
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