生物信息学入门课程:R语言与Bioconductor入门
  1. Bioconductor网站的主要内容

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      熟悉Bioconductor官网内容
      7分钟
  2. 如何快速学习Bioconductor中的包

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      如何快速学习Bioconductor中的包
      3分钟
  3. 如何安装Bioconductor中的包

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      如何安装Bioconductor中的包
      3分钟
  4. 核心包Genomic Ranges的学习

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      核心包Genomic Ranges的学习
      40分钟
  5. 实战:统计human 全部exon的总长度

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      实战:统计human 全部exon的总长度
      5分钟
  6. 学习使用AnnotationHub下载公共数据

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      学习使用AnnotationHub下载公共数据
      7分钟
  7. 学习使用BioStrigs处理FASTA序列信息

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      学习使用BioStrigs处理FASTA序列信息
      7分钟
  8. 参考基因组与BS Genome

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      参考基因组与BS Genome
      14分钟
  9. 读取基因组注释文件GTF/GFF

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      使用rtracklayer读取基因组注释文件GTF/GFF
      3分钟
  10. 不同版本的基因组坐标的互相转换

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      使用chain file进行基因组坐标的互相转换
      6分钟
  11. 使用GEOquery获取GEO发表数据信息

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      使用GEOquery获取GEO发表数据信息
      11分钟
  12. 使用Gviz对多组学数据进行可视化

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      使用Gviz对多组学数据进行可视化
      32分钟

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老师介绍

  • 孟浩巍

    孟浩巍

    就读于北京大学 生命科学学院,目前正攻读博士学位,擅长生物信息学,尤其是高通量测序数据的分析,创办了【生信坑】问答网站
简  介 详细介绍了R语言中的Bioconductor,为使用R语言进行生物信息学分析打下入门的基础
个人简介
大家好,我是孟浩巍。很高兴能够在腾讯课堂与大家见面!


我目前就读与北京大学生命科学学院,正在攻读博士学位,在5年学习生物信息学分析的过程中积累了大量经验,很愿意分享给大家。
之前在某乎平台,我创建了一系列在线课程,先后有6000人参与并获得全部好评。

此外,我还创建了名为【生信坑】的生物信息学问答网站,欢迎大家有问题到网站上进行交流!我们在【生信坑】也会每周推送生信领域最信,最热的文章,并进行简要导读。网址:www.bioinfo.info


课程介绍
根据生物信息学数据分析的实战经验,我们推荐大家首先学习R语言及其相关的操作,这样能够最快地让大家把很多生物信息学数据可视化,并得出一定的统计学分析结论,而这些结论往往可以帮助我们进一步理解生物学问题。

那么我们本次课程主要是针对生物信息学进行一次更加深入地学习,主要是介绍R与Bioconductor的相关内容。

Bioconductor可以简单理解为基于R语言专门做生物信息学分析的众多工具包的集合,通过使用Bioconductor你可以快速地查找公共数据与公共资源;快速地对芯片数据,高通量数据进行分析与可视化;快速地进行若干生物信息学相关的各种分析。

总之,你如果想学习如何做生物信息学却不知道或者不会使用R与Bioconductor,那你就错过了一个事半功倍的利器!

课程主要内容
1. R语言与Bioconductor的背景介绍
2. Bioconductor网站浏览
3. Bioconductor的安装与源的选择
4. R语言基础语法的简单回顾
5. Bioconductor最常用的包
    - AnnotationHub
    - GenomicRange
    - BSgenome
    - Biostrings
    - GenomicFetures
    - rtracklayer
    - Gviz
6. ChIP-Seq的数据分析
    - 提取基因组序列信息
    - 转换 gene id
    - 计算genome 的 intron与exon长度
    - 可视化基因结构

* 课程提供者:孟浩巍