生物信息入门课程:利用Snakemake搭建生信自动分析流程
  1. 课程背景介绍

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      课程背景介绍
      4分钟
  2. 什么是Snakemake,为什么要用Snakemake搭建分析流程?

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      初步了解Snakemake的功能及用途
      5分钟
  3. ATAC-Seq实验原理及分析步骤介绍

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      ATAC-Seq实验原理及分析步骤介绍
      6分钟
  4. Snakemake的基本书写规范

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      Snakemake的基本书写规范
      3分钟
  5. 学习使用Anaconda建立项目专属的虚拟环境

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      学习使用Anaconda建立项目专属的虚拟环境
      14分钟
  6. 搭建ATAC-Seq分析流程

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      搭建ATAC-Seq从比对到call peak的分析流程
      27分钟

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老师介绍

  • 孟浩巍

    孟浩巍

    就读于北京大学 生命科学学院,目前正攻读博士学位,擅长生物信息学,尤其是高通量测序数据的分析,创办了【生信坑】问答网站
简  介 生物信息学分析过程中,往往需要搭建各种分析流程。之前在搭建这些分析流程的时候,缺乏一个完善的方法,往往需要我们自己通过Python或者shell脚本来进行,在运行任务的时候也需要人为控制和调度任务,这种方法搭建的pipeline经常费时费力,还容易出各种bug。本次课程我们将为大家介绍搭建生信分析流程的神器——Snakemke
个人简介
大家好,我是孟浩巍。很高兴能够在腾讯课堂与大家见面!


我目前就读与北京大学生命科学学院,正在攻读博士学位,在5年学习生物信息学分析的过程中积累了大量经验,很愿意分享给大家。
之前在某乎平台,我创建了一系列在线课程,先后有数万人参与并获得全部好评。

此外,我还创建了名为【生信坑】的生物信息学问答网站(可通过搜索引擎搜索),欢迎大家有问题到网站上进行交流!我们在【生信坑】也会每周推送生信领域最信,最热的文章,并进行简要导读。


课程介绍
生物信息学分析的过程当中,经常需要搭建各种分析流程,比如:全基因组数据分析流程,全转录组数据分析流程等等。那么在搭建数据分析流程的时候,我们往往需要使用Python或者是shell等脚本语言进行流程的编写。在使用这些工具进行流程搭建的时候,经常会出现各种bug,同时在进行任务调度的时候还会因系统的不同出现各种各样的问题。那么有没有一个非常高效,便捷的解决办法呢?

当然有!这就是本次我们为大家介绍的生物信息分析流程搭建的神器——Snakemake!

Snakemake是一款基于Python 3.X版本的软件,在它的帮助下,我们可以非常快速,高效地搭建生物信息学分析流程,那么本次课程,我们会为大家介绍Snakemake的安装与使用技巧,同时会以现在非常火的ATAC-Seq分析流程为例为大家进行一个比较简单地搭建。手把手教会大家,如何使用Snakemake,为以后的生物信息学分析工作打下坚实的基础!

* 课程提供者:孟浩巍