小鼠表达芯片数据整合分析

本讲涉及到的芯片分别是：

• GSE7762

• GSE62346

• GSE50382

示例会使用 GEOquery 包里面的getGEO函数下载每个表达芯片数据在GEO数据库里面的数据，解析获得表达矩阵及对应的分组信息。

并且对表达矩阵进行简单QC，分析原因。

使用limma来进行表达芯片数据的差异分析，并且创建input文件供GSEA软件使用。

对芯片差异分析结果进行注释基因ID，并绘制火山图，判断具有统计学显著的差异基因列表。

并且对差异基因列表进行下游的GO/KEGG注释！