Linux与高性能集群的使用(生物信息)

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课程概述

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老师介绍

如鱼饮水

如鱼饮水

生物信息HPC管理员,管理维护大型生物信息集群4年,熟悉各种生物信息软件安装和系统环境的坑!;生物信息数据库开发及维护;
简  介 在本次课程中,将从使用Linux系统入门、Linux在生信中的使用技巧和各种软件的安装以及生物信息高性能计算集群的介绍和使用这几个方面,带领大家跨过生物信息的第一道门槛。
课程概述
1、讲师介绍
刘浩老师  华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室生物信息计算平台 (HPC)管理员,华中农业大学本科、研究生,华中科技大学计算机科学与技术双学位
生信技能:管理维护大型生物信息集群4年,熟悉各种生物信息软件安装和系统环境的坑!;生物信息数据库开发及维护;

2、课程简介
课程宗旨:易懂 全面 精炼
我们希望用尽可能短的时间,用尽可能容易的方式为大家带来尽可能全面的内容。
经过反复的录制和删减,我们把每节课的时间控制在10—30分钟,全部课程时间接近110分钟。希望你在实验或者休息的间歇就可以听上一节内容,用一周两周的时间就可以完成一门课程。

为什么要学习这门课程
对于很多刚入门生物信息的同学来说,可能以前只用过Windows或者Mac系统,只熟悉用鼠标进行的图形界面操作,而在专业的生物信息分析中,分析人员都是在Linux系统下进行大量数据的分析,因此熟练使用Linux系统是入门生物信息的第一个门槛。
很多专业的科学计算和程序员编程都是在Linux下进行,对于不同的应用需求,对Linux技能的掌握有不同的方向和需求。而在生物信息中,我们需要操作大量的文本,因此需要掌握很多关于文本操作的技巧,以提高工作效率。另外,生物信息软件众多,初入门生物信息的同学面对大量的软件可能束手无策,不知道怎么安装和使用,安装和使用过程中出错也不知道怎么解决。
由于测序成本指数级下降,数据获取的成本越来越低,导致测序产生的数据出现了爆炸式地增长,比如我们实验室的存储系统从几年前几十个TB的容量增长到了现在的几个PB。大量的数据需要更大规模的计算机处理,在稍具规模的实验室和公司,生物信息数据的存放和处理通常都是放在高性能计算(HPC)集群上进行,所谓集群,一般都是由几台、几十台甚至上百台的高端服务器通过网络连接成的一个整体。因此在处理大规模数据之前还需要学习实验室或者公司的服务器是怎么使用的。

课程目标:了解并掌握 linux和高性能计算机集群使用

适用人群:深度基因线上/下培训学员;对 生物信息理论知识有初步了解的生物信息爱好者 
生物信息学学员,高校生物、计算机相关专业教师、学生,医学科研人员,医院从业人员,生物专业相关从业人员

课程内容介绍 
在本次课程中,将从生物信息学习基础技能Linux系统入门、基础技能学习Linux在生信中的使用技巧和各种软件的安装以及高性能计算集群的介绍和使用这几个方面,带领大家跨过生物信息的第一道门槛。
3、课程安排 

•1 Linux系统介绍
•2 Linux基本概念和基本命令介绍
•3 Vim编辑器使用和ShellScript简单使用
•4 Linux软件安装


深度基因公司介绍 


武汉深(度)基(因)生物技术有限公司成立于2017年,是一家以生物信息技术培训、咨询和服务为主的创新型技术服务企业,注册资金100万元。公司坐落于美丽的华中农业大学创业实训楼,现有专业服务团队12名,其中博士3名,硕士6名,均具有很强的理论基础和实战经验。公司聘请了国家知名生物信息学专家、教授亲临教学,授课场所为现代化的会议交流中心和国家级的重点实验室,实训和实操基地为国家级的实验教学示范中心及教育部示范中心。
公司秉承“深度基因,科服大众”的理念,从生物信息学进展,生物信息学基本原理,Linux操作技巧,技能编程语言学习进阶,独立分析生物信息学数据等方面为科研院所,大型医院企业提供全程技术服务,也可以为大型企业、各地部门开展技术骨干培训,提升服务水平。
 
在2018年伊始我们开始推出线上视频学习课程。希望以深度基因平台为依托,为广大生物信息爱好者和想要入门生物信息的朋友提供文字资料、视频课程和线下课程三线合一的立体学习途径。

为国内外生物信息学的进步与发展贡献力量。
 

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* 课程提供者:深基学院

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