癌症相关成纤维细胞CAF生信套路(EPIC/MCPcounter/xCell)
课程目录：
癌症相关成纤维细胞简介，软件准备，转录组数据下载，转录组数据整理，临床数据下载，提取临床信息，区分mRNA和lncRNA，GEO数据下载，GEO数据注释，TCGA突变数据下载，计算肿瘤突变负荷，TCGA数据库CAF打分，GEO数据库CAF打分，TIDE免疫治疗打分，TCGA数据库CAF生存分析，GEO数据库CAF生存分析，TCGA数据库WGCNA分析，GEO数据库WGCNA分析，交集核心基因，GO富集分析，KEGG富集分析，提取核心基因表达量，TCGA表达和生存数据合并，GEO表达和生存数据合并，预后相关的基因，构建预后模型，生存分析，CAF打分相关性分析，风险热图相关性热图，免疫治疗分析，GSEA分析，ssGSEA分析，瀑布图输入文件准备，瀑布图，肿瘤突变负荷相关性分析，CAF与肿瘤突变负荷相关性，药物敏感性(oncoPredict)，药物敏感性差异分析，CCLE数据库验证，免疫组化(HPA数据库)。
