组学贯穿及基因调控网络

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组学贯穿

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老师介绍

  • 周老师

    周老师

    OmicShare在线课堂首席讲师,江湖人称“周老师”。有丰富的高通量测序数据挖掘经验,精通统计学、R语言、重测序等领域。现为广州基迪奥生物技术总监,负责公司基因组、转录组、表观组和蛋白组项目设计。曾经参与项目并发表文章在nature、PNAS、BMC genomics、Genomics等期刊。
简  介 在基因调控关系研究中,我们常常还需要面临1个问题:如何将这些抽象的基因互作关系可视化,便于研究人员和读者能够利用图形快速从这些复杂的调控关系中理清头绪。cytoscape就是一款非常著名的调控网络可视化工具,频频出现在调控关系研究的SCI论文中。本系列课程,就给大家介绍这款软件的使用方法。
基迪奥Omicshare为广州基迪奥生物创立的,专注做生物信息交流学习的线上平台。      

OmicShare官网:百度搜索OmicShare  

 

转录因子P53可以调控哪些靶基因转录?microRNA miR-334可以沉默哪些mRNA?蛋白激酶MAPK可以磷酸化哪些蛋白?这些基因与基因间的调控互作关系的预测和验证,是分子生物学研究的重要目标。机体中,数量庞大的基因相互作用,就构成了基因调控网络。伴随高通量测序技术和生物信息学技术的发展,大规模预测基因调控关系成为可能。

在基因调控关系研究中,我们常常还需要面临1个问题:如何将这些抽象的基因互作关系可视化,便于研究人员和读者能够利用图形快速从这些复杂的调控关系中理清头绪。cytoscape就是一款非常著名的调控网络可视化工具,频频出现在调控关系研究的SCI论文中。

本系列课程分三部分。

第一部分介绍WGCNA分析理论和应用。

第二部分主要介绍cytoscape工具的使用,内容提纲如下:

1.  基础理论介绍,主要针对调控网络的基础知识、概念进行介绍。主要内容包括:
1.1 基因表达调控网络的概念、特点;
1.2 常见的基因调控网络构建方法简要介绍;
1.3 基因调控网络可能涉及的组学;

第三部分主要介绍cytoscape插件BinGO的安装及应用。

BinGO作为一款小而美的插件,是cytoscape插件家族中的佼佼者。BinGO可以实现GO富集分析,而且GO富集得到的功能分类(GO term)会以调控网络的方式呈现给我们,非常精美。

* 课程提供者:基迪奥生物