R应用-topGO富集分析

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老师介绍

  • Marble

    Marble

    生物信息学硕士,具备多年生物信息分析与研发经验,曾长期担任国内某知名生物测序公司研发经理一职
简  介 topGO是一个专门用于做GO富集分析的R包,读取GO的分类和结构信息,结合富集分析的结果,它可以画出如下所示的GO有向无环图。
TopGO是一个专门用于做 GO富集分析的R包,读取GO的分类和结构信息,结合富集分析的结果,它可以画出如下所示的GO有向无环图。

topGO package provides tools for testing GO terms while accounting for the topology of the GO graph. Different test statistics and different methods for eliminating local similarities and dependencies between GO terms can be implemented and applied.

Author: Adrian Alexa, Jorg Rahnenfuhrer

Maintainer: Adrian Alexa <adrian.alexa at gmail.com>

Citation (from within R, enter citation("topGO")):

Installation

To install this package, start R (version "3.5") and enter:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install("topGO", version = "3.8")

For older versions of R, please refer to the appropriate

Documentation

To view documentation for the version of this package installed in your system, start R and enter:

browseVignettes("topGO")

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* 课程提供者:PlantTech(普朗泰科)学院