植物生物信息常用数据库简介及应用

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老师介绍

  • 石小云

    石小云

    博士毕业于中国科学院遗传与发育生物学研究所,秉承“bioinformatics for biology”的理念,提供面向植物领域的生物信息学培训。
简  介 PlantTech学院推出的本课程,对植物常用数据库从数据库的使用场景、数据结构及使用方法,都做了详细介绍,为您的生物信息分析奠定基础!
生物数据库是生命科学领域十分重要的资源,更是生物信息分析中不可或缺的一部分,熟练使用各个数据库是每一个生信分析人员的必备基础。
 
一、基因功能常用数据库

功能注释即利用生物信息学方法和工具,通过与数据库进行序列比对预测新基因生物学功能的过程,可见深刻理解基因功能数据库对解读基因的功能具有重要作用。本课程系统地讲解了基因功能注释最重要的几个数据库,帮助您更好的解读测序分析结果。



二、基因组数据库及基因组数据解读

看懂参考基因组是进行分子研究的必备技能,本课程系统地讲解参考基因组下载方法及基因组文件的解读。

 

三、原始数据数据库

目前已发表的高通量测序数据利用率不足20%,很多有价值的信息被研究者所忽略,基于已发表数据的挖掘和分析将成为科学研究发展的趋势。本课程讲解原始数据的下载方法。同时,SRA数据上传也是文章发表的必备环节,本课程讲解实用的原始数据上传方法。



四、其他常用数据库

转录因子(Transcription Factor, TF)是一类能与基因5`端上游特定序列专一性结合,从而能调控目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子,因此在各种基因表达调控网络和信号转导通路中都处于重要调控位置。本课程详细讲解植物转录因子数据库,该数据库收录了各物种已知的转录因子,是研究基因调控网络的有力工具。



 

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* 课程提供者:PlantTech(普朗泰科)学院

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