筛选qRT-PCR内参基因

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老师介绍

  • 石小云

    石小云

    博士毕业于中国科学院遗传与发育生物学研究所,秉承“bioinformatics for biology”的理念,提供面向植物领域的生物信息学培训。
简  介 本课程系统介绍通过变异系数筛选内参基因的原理、数据准备和预处理、注意事项,并实操演示不同类型表达量数据如何筛选内参基因。
一、课程背景
       在qRT-PCR实验过程中,由于样本纯度和浓度等差别,以及实验操作过程引入的差异,都会影响实验结果。为了避免这些误差,获得真实可靠的结果,可通过设置内参来消除这种误差。这里的内参指的是内源性参照基因,是检测基因表达水平变化时的内部参照,其在各样品中表达相对恒定。
       一直以来都用管家基因来作为内参。因为这类基因通常在生物体各发育阶段的绝大多数组织中都表达或变化较小,其表达具有组成型、稳定性、受环境因素影响较小的特点。常用的有UBQ、actin、GAPDH等。近年研究发现,这些常用内参基因均存在缺陷,在不同类型细胞、组织和器官发育的不同阶段,在不同实验条件下、不同材料等情况下,它们的表达量也会有较大差异。
二、课程内容
       利用组学数据(表达量数据)筛选内参基因是一种新方案。筛选内参基因的核心要点在于基因在各样本中的表达变化要小,因此可采用变异系数来筛选。变异系数(Coefficient of viration, CV)是衡量不同样本中各数据变异程度的一个统计量。变异系数越小,数据变异或偏离程度越小。
       本课程系统介绍通过变异系数筛选内参基因的原理、数据准备和预处理、注意事项,并实操演示不同类型表达量数据如何筛选内参基因。

                                                         

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* 课程提供者:PlantTech(普朗泰科)学院

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