RNA-seq和qRT-PCR一致性评估

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老师介绍

  • 石小云

    石小云

    博士毕业于中国科学院遗传与发育生物学研究所,秉承“bioinformatics for biology”的理念,提供面向植物领域的生物信息学培训。
简  介 系统地介绍如何筛选验证基因,如何科学地计算和评估RNA-seq和qRT-PCR数据的一致性,以及用何种方式来完美呈现结果。
一、课程背景
在利用转录组数据分析结果发表文章时,一般需要验证RNA-seq数据的可靠性。这时,qRT-PCR是最通用的选择。我们通常用qRT-PCR的基因表达结果来验证RNA-seq的数据。下图是文章中常见的两种数据的比较。


虽然可以通过上图直观地比较某个基因在RNA-seq和qRT-PCR的表达情况,但是无法从改图结果中直接判断这两种的数据一致性如何,还需要进一步地进行统计和计算。
二、课程内容
利用两种实验方法去验证同一结果,需要判断两种方法结果的一致性。对于定量类实验,我们一般选择皮尔逊相关性来判断。皮尔逊相关系数r2(Pearson’s Correlation Coefficient)是用于评估样品间或技术方法间相关性的指标。r2越接近1,说明两者相关性越强,一致性越高。本课程系统地介绍如何筛选验证基因,如何科学地计算和评估两组数据的一致性,以及用何种方式来呈现结果。


 

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* 课程提供者:PlantTech(普朗泰科)学院

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