miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测

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老师介绍

  • Dr.Li

    Dr.Li

    具有十年以上生物信息学经验,熟悉二代测序和单细胞技术。熟悉R和Python,以及常用的生物信息学工具。
简  介 本课程理论结合实战讲解miRNA靶基因预测。介绍了miRNA相关的常用数据库,miRBase,miRTarBase,miRcode,starbase,Targetscan。实战部分,介绍了如何使用R代码基于starbase和targetscan数据库中的数据,批量预测miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA之间的调控关系。
本课程一共包含13节课程,
1.第一节,介绍miRBase数据库,以及如何从miRBase数据库下载miRNA数据
2.第二节,介绍miRTarBase数据库
3.第三节,介绍miRcode数据库
4.第四节,介绍starbase(ENCORI)数据库,以及利用starbase预测miRNA-mRNA之间调控关系
5.第五节,利用starbase预测miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA之间调控关系,以及其他RNA-RNA之间相互调控关系,还有ceRNA网络鉴定。
6.第六节,介绍starbase的pancancer功能,如何画基因表达箱型图,生存曲线以及表达相关性散点图
7.第七节,基于starbase所有的预测结果(已经帮大家下载好了人和鼠的所有预测结果,可以直接使用),利用R代码批量预测miRNA-mRNA之间的调控关系
8.第八节,基于starbase所有的预测结果(已经帮大家下载好了人和鼠的所有预测结果,可以直接使用),利用R代码批量预测miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA之间的调控关系
9.第九节,介绍Targetscan数据库,如何查找miRNA的靶基因以及通过靶基因查找调控的miRNA
10.第十节,下载Targetscan预测结果以及注释文件
11.第十一节,基于Targetscan所有的预测结果,利用R代码批量预测miRNA-mRNA之间的调控关系
12.第十二节,windows下如何安装R和Rstudio软件
13.第十三节,mac下如何安装R和Rstudio软件


 

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* 课程提供者:生信交流平台