使用R代码做TCGA数据差异表达分析, 输入文件为合并好的表达谱矩阵。
如果没有准备好表达谱矩阵,请先学习《TCGA数据库简介及数据下载与表达谱合并》,或者直接学习系列课程《TCGA数据库介绍及数据挖掘》,该系列课程包括《TCGA数据库简介及数据下载与表达谱合并》,《零代码TCGA数据差异表达分析》和《R代码TCGA数据差异表达分析》三部分内容。
1.第一期,讲解过滤重复样本,过滤样本类型函数
2.第二期,讲解三种差异表达方法limma,edgeR和DEseq2,以及差异表达分析结果过滤函数。会对差异表达基因做注释,将Ensembl基因ID转换成基因名字。添加基因的RNA类型(mRNA,lncRNA,pseudogene etc),便于后续其他类型的分析(相关性分析,ceRNA分析 etc)。
3.第三期,采用TCGA真是数据,演示RNAseq数据及miRNA seq数据差异表达分析
4.第四期,windows下如何安装R和Rstudio软件
5.第五期,mac下如何安装R和Rstudio软件
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你将获得
- 掌握某些知识点
- 学会某些技巧(或思路)
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讲师介绍
Dr.Li
博士
具有十年以上生物信息学经验,熟悉二代测序和单细胞技术。熟悉R和Python,以及常用的生物信息学工具。
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