本课程使用R的shiny工具,零代码做TCGA数据差异表达分析,输入文件为合并好的表达谱矩阵。
如果没有准备好表达谱矩阵,请先学习《TCGA数据库简介及数据下载与表达谱合并》,或者直接学习系列课程《TCGA数据库介绍及数据挖掘》,该系列课程包括《TCGA数据库简介及数据下载与表达谱合并》,《零代码TCGA数据差异表达分析》和《R代码TCGA数据差异表达分析》三部分内容。
1.第一期,TCGA表达谱数据和样本类型文件准备。介绍DEApp工具。
2.第二期,讲解如何在DEApp工具中进行数据上传,表达谱归一化,PCA分析,基因过滤,差异表达分析,火山图,结果下载。
3.第三期,讲解DEApp中三种做差异表达分析的方法,limma,edgeR和DEseq2,结果比较。以及miRNA数据差异表达分析。
课程中使用的R环境和DEApp工具,用电脑打开腾讯课堂,在课程介绍的下方。
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你将获得
- 掌握某些知识点
- 学会某些技巧(或思路)
教学服务
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讲师介绍
Dr.Li
博士
具有十年以上生物信息学经验,熟悉二代测序和单细胞技术。熟悉R和Python,以及常用的生物信息学工具。
课程详情
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