植物激素基因分析

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老师介绍

  • Marble

    Marble

    生物信息学硕士,具备多年生物信息分析与研发经验,曾长期担任国内某知名生物测序公司研发经理一职
  • 石小云

    石小云

    博士毕业于中国科学院遗传与发育生物学研究所,秉承“bioinformatics for biology”的理念,提供面向植物领域的生物信息学培训。
简  介 PlantTech学院推出植物激素基因分析课程,从研究背景、经典案例精讲、GO注释并筛选激素基因、筛选差异激素基因并绘制表达热图等,带你实操演练转录组数据中激素基因的分析。
一、课程背景
  植物激素( Phytohormone)是植物细胞接受特定环境信号诱导产生的、低浓度时可调节植物生理反应的活性物质,主要的植物激素有脱落酸(abscisic acidABA)、生长素(auxin)、油菜素(brassinosteroidBR)、 细胞分裂素(cytokininCK)等。植物激素分别或相互协调地调控植物的生长发育与分化等许多生物学过程,如在细胞分裂与伸长、组织器官分化、开花与结实、成熟与衰老、休眠与萌发等方面,在干旱和洪涝、高温和冷害、盐碱和重金属污染、病原菌和虫害等生物和非生物胁迫方面。
       因此,在转录调控研究中,尤其是转录组数据分析时,通常需要系统地对植物激素相关基因进行生物信息学分析。2017年发表在Plant Physiol的文献,通过转录组和激素定量分析研究损伤如何诱导形成愈伤组织,重点分析转录组数据中各植物激素生物合成途径和响应基因的时间序列表达动态变化(Ikeuchi2017
)。

二、课程内容
一、基因相关基因分析-不同激素类型
分析脱落酸(abscisic acid,ABA)、生长素(auxin)、油菜素(brassinosteroid,BR)、 细胞分裂素(cytokinin,CK)能够行使功能的相关基因有哪些?
基因相关基因分析-不同功能分析
哪些基因会参与植物激素的biosynthetic process、metabolic process、response to abscisic acid、activated signaling pathway、transport等生物学过程?
 
激素相关基因如何展示
 
 


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* 课程提供者:PlantTech(普朗泰科)学院

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