Gephi是一个交互式的网络图实时动态可视化（Real-time visualization）工具，广泛用于社交网络分析（social network analysis，SNA)。近些年，很多微生物生态学相关的学者使用Gephi做微生物群落的共发生网络分析（Co-occurrence network analysis ）。
 
由于软件容易上手且出图漂亮，随着时间推移，必将有越来越多自然科学领域的学者用Gephi去展示基因共表达网络、代谢网络、ceRNA网络等等。
 

图1 使用Gephi绘制基因共表达网络
 
图2 对Cytoscape软件导出的网络进行可视化
 
以下是一些使用Gephi绘制网络图的示例：
 
图3 Gephi绘制共发生、共表达网络图

图4 Gephi绘制“炫彩”网络图
 
本教程的内容主要包括软件和插件的安装、网络图基础、软件界面和工具介绍、文章案例重现4个板块，共7节课，平均每节课时长约20分钟。视频中详细介绍了软件的使用方法和个性化网络图（如“曲边”共发生网络图、“朱缨花”网络图）的绘制技巧，希望能减少大家花费在摸索方法上的时间，对开始学习网络图绘制的小伙伴有所帮助！
 

图5软件界面功能详解（课件截图）
 
课程内容
 

最后，提醒大家这是实操课程，不是讲座，电影或是综艺节目！请边看视频边跟着操作，如果只用眼睛看，无聊、也没有意义，一觉醒来，了无痕迹！课堂中用到的示例文件可通过视频窗口左侧（或下方）的资料区下载，学习过程中有任何疑问，都可在课程页面联系OmicShare客服。