MAPMAN:植物通路可视化工具

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课程概述

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老师介绍

Marble

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生物信息学硕士,具备多年生物信息分析与研发经验,曾长期担任国内某知名生物测序公司研发经理一职
简  介 MAPMAN:植物通路可视化工具
一、课程背景

      随着高通量方法的出现,这些方法从各种测量来源产生大量数据 - 例如来自微阵列的基因表达数据,来自质谱的蛋白质或代谢物丰度 - 生物网络作为数据的整合环境变得越来越重要。MAPMAN工具于2004年发表在“the plant journal”杂志上,至今共引用了2000多次,是一款经典的通路分析和可视化软件,同时支持Windows、Linux、Mac系统。

二、课程内容

1.MAPMAN可以更宏观的展示不同处理或组合间的差异,很直观的展示样品在淀粉、糖、氨基酸代谢中的差异。


2.MAPMAN同时可以展示微观通路的图,例如下图是植物在生物胁迫通路里基因的差异情况的展示,红色表示上调,绿色表示下调;通路的展示比KEGG更加的直观。




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* 课程提供者:PlantTech(普朗泰科)学院

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