GEO数据库表达芯片处理之R语言流程

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  • 张驰

    张驰

    博士在读,口腔正畸,南京医科大学 正畸科,江苏省口腔医院 江苏省南京市鼓楼区汉中路140号
  • 曾健明

    曾健明

    生信菜鸟团博客博主,生信技能树创始人兼负责人。 生物信息学全栈工程师,立志于普及生物信息学知识。
简  介 包括如何从GEO下载数据,如何分组,两组直接如何找差异,差异基因如何去注释,包括GO/KEGG注释,还有特殊数据库,自定义数据库的注释,比如oncogene或者tumor suppress genes,TF的gene注释,还有GSEA软件的分析

使用R语言完成表达芯片处理全流程

目录如下

第一讲:了解GEO与R

第二讲:从GEO下载数据的3种方法

第三讲:差异分析

第四讲:热图火山图绘制

第五讲:GO/KEGG分析

第六讲:文献阅读

第七讲:GSEA1 软件使用方法

第八讲:GSEA2 统计学原理

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解读GEO数据存放规律及下载,一文就够

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* 课程提供者:创想知道生信课堂

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