TBtools是什么？

目前，高通量测序已然是生物实验室的常用研究手段。数据不断积累，而解读数据的难度也越来越大。
从海量的生信数据中，抽取出有价值的生物信息，将有助于生物方向的确定与实验的开展。
而抽取信息却常常是最繁杂的，其中涉及大量简单的重复操作，包括序列提取，本地Blast，韦恩图分析....等等。
于是，我写了TBtools这个小工具，尽可能逐一地替代这些操作。
希望有一天，其确实能帮助到一部分人，减少湿实验出身的生物科研工作者在这一过程耗费的时间，并可以有更多的时间用于生活而不是生存，用于陪伴家人而不是一直在电脑前面cp & paste的工作。




TBtools能干什么？

TBtools开发至今已有3年，经过这些时间的功能增加和改进，已然积累了数十个性能相对稳健的小工具。
可正常运行于 Windows, Mac， Linux等平台
其能输出的一两个图片，展示如下：







其目前能做的事情很多，以至于，我可能没办法在这里一一列出，
具体可能可以看看热身课程的前面部分。这里只做简单列出

新增热门工具，

• Amazing Heatmap Generator热图工具
• Amazing Gene Viewer同时展示进化树，MEME结果和基因结果与结构域

序列操作工具集，Sequence Toolkits ​

• Fasta序列（含区段）提取，Amazing Fasta Extractor、Fasta Extractor和Fasta Subseq
• Fasta序列合并和分割，Fasta Merge and Split
• 序列格式化（序列反向、互补和按指定行宽分行），Sequence Manipulator
• NCBI序列批量下载，NCBI Seq DownLoader
• cDNA序列完成开放阅读框预测，Get Complete ORF
• ​序列库中引物特异性检测，Check Primers
• ​gff3/gtf序列提取，Gtf/Gff3 Sequences Extractor

​ Blast界面化工具集，Blast

• ​调用NCBI API进行远程Blast，Remote Blast
• 少量序列Blast比对到大序列库文件，Auto Blast SeveralSequences To a Big File
• 少量序列比对到少量序列，Auto Blast TwoSequence Sets
• 大序列库文件比对到大序列库文件，Auto Blast TwoSequence Sets -Big File-
• ​序列比对到Fastq文件，Blast Several Seq ToFastQ
• ​互惠Blast（用于不同序列库ID映射），Reciprocal Blast
• ​序列比对结果区段映射图绘制，Blast XML AlignmentShower
• ​序列比对结果点阵图绘制，Blast XMLDotplot
• ​序列比对结果堆叠图绘制，Blast XMLPileup Grapher
• ​BlastXML结果转换为TBtools比对结果表格，TranFormat Blast .xml to TBtools.table
• ​BlastXML结果转换为Blast表格结果，TranFormat Blast .xml to Blast Table
• ​基于测序数据的电子克隆，e-GenomeWalkingor e-Race

GeneOntology和KEGG工具集，GO and KEGG

• ​ GO注释，GO Anotation
• ​ GO富集，GO Enrichment
• ​ GO层级统计和绘制，GO Level Counter
• ​ GO层级比较，GO Level Compare
• ​ GO注释解析，GO Term Parser
• ​ GO注释转换为BiNGO输入结果，Prepare GO Annotaiton For BinGO in cytoscape
• ​ KEGG通路富集工具，KEGG Enrichment Analysis
• ​ KEGG****通路差异表达基因描图工具，KEGG Pathway Map Drawer

​ 其他工具集，Others ​

• 取色器，Color Picker
• ​表格提取（行筛选），Table IDManipulator
• ​表格列操作（列排序和保留），Table ColumnManipulator
• ​大文本极速查看（支持.gz压缩格式），Big Text Viewer
• ​大表格极速查看（支持.gz压缩格式），Big Table Viewer
• ​基于标识符号提取文本区段，Text Block Extractor
• ​表达量快速查看/比较，Expression Shower
• ​读段计数做RPKM/FPKM/TPM标准化，Expression Calculator (RPKM/FPKM/TPM)
• ​2~6组可交互韦恩图绘制，Wonderful Venn (Up to Six Sets)
• ​基于序列在染色体上展示基因位置，Map Genes OnGenome From Sequence Files
• ​基于坐标在染色体上展示基因位置，Map Genes OnGenome From Position Info Files
• ​基因组共线性分析结果可视化，Dual SystenyPlotter for MCscanX

​ About工具，About

• ​默认界面（可直接拖拽.png/.jpg图片，输出Kmeans聚类色卡），About TBtools
• ​debug对话框，Debug Dialog
• ​调整TBtools初始化内存，Resize JVMmemory

为什么开课

1. 最直接的原因是 我个人需要做知识变现，用于接下来的人生计划
2. 最无奈的原因是 TBtools的界面化使用方式，很难用Manual讲清楚，而我确实没有时间撰写Manual
3. 最理想的原因是 每个人都应该做自己擅长的事情，写TBtools是我擅长的，而一步一步告诉每一个用户怎么使用它，似乎我不擅长的，或者我觉得，我的个人和经历应该更多地用在开发上，而不是使用说明上。


课程的主要内容

覆盖以上的清单，以及一些相关工具的原理和相关的生物信息学基础知识，
之所以会有相关的基础知识介绍，是因为我个人觉得，如果只是单纯了解TBtools的使用，那么没有意义，
所以我加在课程中间

课程时长

一个月零四天，每周日的晚上讲一次，一次讲演2个小时，大体是 20 个小时的视频，
几乎覆盖了目前TBtools的所有功能的使用