课程详情

一开始我以为很少有人会像我这样，在一个没有任何生信基础的实验室搭建生物信息学分析平台。但是，我慢慢发现其实是有很多人像我这样子，希望学点生信，从生物这个坑慢慢往外爬。

好消息是这几年来有大量的资料涌现出来，既有文字也有视频，所以你根本不愁没有资料这件事情，坏消息是大部分资料都不会从零给你讲起，所以很多人直接在软件安装这一步就走不动了。一部分原因可以归结为初学者没有Linux基础，一部分原因是缺少一个合格的管理员帮你安装软件，还有一部分原因是教程作者虽然写了如何安装软件，但是都是默认你是有最高权限，而大部分人都只有服务器的普通使用权限，所以一出现问题就不知道如何解决。

作为一个从零开始学生信的过来人，一开始又使用着一台无人管理的服务器，所以在安装软件上我花了大量的时间，踩了各种奇奇怪怪的坑，所谓“久病成良医”，我在安装软件有着不一样的心得，我写了很多教程记录我的经验，但是都很零散。突然有一天，我想要不系统性做一个视频吧，这样子如果实验室里来了一个人新人，我就可以把这个视频丢给他让他自学，同时还可以帮助大部分苦苦挣扎的初学者。

很高兴，我的第一个作品终于能够和大家见面了，它是国内首个为生信初学者准备的Linux软件安装的课程，系统性教初学者如何解决软件安装这一个看似容易的问题。

没想到，我居然在它上面花了那么久的时间，为它写了万字的讲稿，做了近百页的PPT。被果子监制反复摧残，不断打磨。

课程使用指南

课程主要分为两个部分，基础知识讲解和软件安装实战。

对于刚开始入门的初学者，请仔细阅读Linux基础知识这一部分，学会基础的Linux命令行，学会使用vim进行文本编辑，理解什么是环境变量，只有清楚这些内容，后面安装部分你才能看得懂。

对于有一定Linux基础的入门者，你可以跳过基础知识，直接去学习如何使用包管理工具安装软件，学完conda之后绝大部分软件你都可以进行安装，你就能去重复别人教程里面的基础分析内容，比如说RNA-seq的预处理部分。

如果你已经知道了conda, 并且也有conda使用经验，你可以不需要去看我的视频内容，直接阅读本课程提供的PDF文档资料，了解几个conda的注意点或者叫做坑，这有助于提高你的conda使用技巧，毕竟我用它已经快2年了。

对于一些有经验的入门者，也就是会用conda软件，也知道使用./configure && make && make install编译软件的而言，你可以跳到如何安装C/C++程序的从源码编译安装部分，我这节深入讲解了编译三部曲每一步的意义，相信你看完之后对C程序的软件安装会有更深刻的理解。

后续的Python、Perl可以认为是一个整体，介绍的是解释型高级语言是如何进行模块安装，安装的脚本是如何被系统找到并执行，以及不同版本的解释器冲突应该如何解决。

如何安装R包是一个比较简单的小节，我通过虚拟机安装了一个全新的Windows环境，然后在这个环境下手把手教大家如何安装R环境以及如何安装R包，对于初学者是够用的，当然已经装了R环境的同学，可以跟着课程推荐的资料了解更多安装R包的姿势

课程大纲如下：