Cytoscape:网络分析与可视化

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老师介绍

石小云

石小云

博士毕业于中国科学院遗传与发育生物学研究所,秉承“bioinformatics for biology”的理念,提供面向植物领域的生物信息学培训。
简  介 Cytoscape是一个开源的软件平台,用于可视化分子相互作用网络和生物通路,并将这些网络与注释,基因表达谱和其他状态数据整合。本次课程主要介绍Cytoscape的三个功能:数据分析与整合、数据可视化、APP store。
一、课程背景

      随着高通量方法的出现,这些方法从各种测量来源产生大量数据 - 例如来自微阵列的基因表达数据,来自质谱的蛋白质或代谢物丰度 - 生物网络作为数据的整合环境变得越来越重要。作为概念和关系的常用图形表示,网络提供的结构有助于减少数据的底层复杂性。网络工具为我们提供了研究复杂过程的功能。我们可以通过诸如度,聚类系数,最短路径,中心性,密度等度量来分析数据的全局特征。我们可以确定关键要素(枢纽)和“有趣”的子网,这可以帮助我们阐明互动机制。

      Cytoscape是一个开源的软件平台,用于可视化分子相互作用网络和生物通路,并将这些网络与注释,基因表达谱和其他状态数据整合在一起。Cytoscape已经成为分子生物学的常用工具,本课程主要介绍Cytoscape的三个主要功能:数据分析与整合、数据可视化、APP store

二、课程内容

三、课程目标
   
通过本次课程学习,希望大家能够完成如下的数据分析或数据可视化:

miRNA-mRNA-LncRNA调控可视化


 

miRNA-mRNA调控可视化



基因共表达网络


蛋白互作网络



GO富集分析可视化




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* 课程提供者:PlantTech(普朗泰科)学院

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