随着高通量方法的出现,这些方法从各种测量来源产生大量数据 - 例如来自微阵列的基因表达数据,来自质谱的蛋白质或代谢物丰度 - 生物网络作为数据的整合环境变得越来越重要。作为概念和关系的常用图形表示,网络提供的结构有助于减少数据的底层复杂性。网络工具为我们提供了研究复杂过程的功能。我们可以通过诸如度,聚类系数,最短路径,中心性,密度等度量来分析数据的全局特征。我们可以确定关键要素(枢纽)和“有趣”的子网,这可以帮助我们阐明互动机制。
Cytoscape是一个开源的软件平台,用于可视化分子相互作用网络和生物通路,并将这些网络与注释,基因表达谱和其他状态数据整合在一起。Cytoscape已经成为分子生物学的常用工具,本课程主要介绍Cytoscape的三个主要功能:数据分析与整合、数据可视化、APP store。
二、课程内容
三、课程目标
通过本次课程学习,希望大家能够完成如下的数据分析或数据可视化:
miRNA-mRNA-LncRNA调控可视化
miRNA-mRNA调控可视化
基因共表达网络
蛋白互作网络
GO富集分析可视化
重要:购买课程后一定要添加“课程妹”微信,“课程妹”将提供答疑等各种问题!!