基迪奥Omicshare为广州基迪奥生物创立的，专注做生物信息交流学习的线上平台。

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Omicshare课程内容有： 
（1）生信流程解析，主要介绍标准分析流程包含的内容、方法、步骤等  
（2）解决方案探讨，更多涉及具体的生物学问题  
（3）编程和软件使用，偏向实操，所以会录制视频便于大家反复学习  
（4）其他，主要涉及相关知识，例如统计学  

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基迪奥OmicshareR语言系列课程，包括但不限于热图、PCA图、盒形图、频率直方图等课程，为在R语言入门基础上的绘图教程。

热图是各类SCI文章里最常见的图形之一。基因表达量、基因CNV、环境微生物丰度等等，通通可以用热图来展示。其特点是：
1）直观
人类对信息的处理速度为：图形 > 数字（表格） > 文字（段落）。热图用颜色来代表数值，让读者一目了然知晓关键指标（例如，某些基因表达量）的变化规律。

2）兼顾数据处理
热图处理过程中，兼顾了数值归一化和样本（基因）聚类。在图形绘制的谈笑间，软件已经在后台完成了一系列数据处理。
 
因为热图很重要且常见，所以在论文写作过程中，你将会不断使用到热图。而且热图也有很多细节可以调整，对数据具有丰富的展现能力。下面，我举5个例子。
 
（1）是否均一化会影响热图输出的结果。


（2）控制渐变色变化的位置。下图就是在用P value绘制热图时，将颜色渐变的位置控制到0.05的位置，来体现P value显著和不显著的区别。


（3）图形中添加一些具体的小修饰。例如，下图两组样本间加间隔（中间的空白分隔），以及将样本的其他信息（年龄、性别、分组等）以颜色条的方式整合到热图中。这些信息添加在人类疾病研究中，非常常见。


（4）与其他统计方法结合，来绘制热图。例如相关关系热图。这在体现测序样本重复性，表型间的相关性等展示中，会经常用到。

 
（5）通过后期处理，整合到其他图中
有时候一张图中会使用到大量的小热图。比如我们的一篇客户文章中，作者将大量的热图和通路示意图整合在一起（可以通过软件Adobe Illustrator或Photoshop整合）


Zhou Q, Guo J J, He C T, et al. Comparative transcriptome analysis between low-and high-cadmium-accumulating genotypes of pakchoi (Brassica chinensis L.) in response to cadmium stress[J]. Environmental science & technology, 2016, 50(12): 6485-6494.

 
那么，对于热图绘制，你可以依赖三种途径：
 
表1 解决生物生信需求的三种模式

 
三种途径各有优缺点。但对于热图绘制，前面两种模式各有其不足：

1. 理想的热图绘制需要大量个性化的调整。那么，外包公司的模式，有效率不足（沟通和反馈需要时间）的缺点；
2. 热图具有非常多丰富的变化和细节调整，通常高度集成的软件虽然简单，却无法涵盖热图的所有功能。

这些局限，在你需要完成一些定制化或大量的热图绘制时，（例如，我之前提到的5个例子）就会显现出不便之处。
 
而第三种模式，例如，你自己掌握使用R包pheatmap 绘制热图，则能保证你随时随地，随心所欲按照自己的喜好不断地绘制和修改热图。
自己掌握一项经常使用的技能，对你的科学研究绝对是利大于弊。本课堂为基于R语言的热图绘制，课程时长为1个学时，从热图的原理到R包（pheatmap）的使用，做了详尽的解析。等你掌握后，就可以自如完成95%以上你在CNS文章中看到的各种热图，当然也包括我在上文中提到的5个例子。
 
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基迪奥简介：

广州基迪奥生物科技有限公司于2012年2月20日在广州大学城健康产业产学研孵化基地成立，2013年荣获广东“珠江天使杯”科技创新创业大赛（成长企业组）百强企业称号，2014年认证为国家级高新技术企业。2016年11月22日，基迪奥生物入住广州国际生物岛，现有500平米研发中心，200平米机房，1000平米GMP生产车间，办公面积1500平米。共承担科技项目10余项，并且还在持续增加；已获软件著作权18项、发明专利1件，市科技成果3项。

基迪奥致力于为广大客户提供高通量测序，蛋白组学及个性生物信息学分析等“一站式”的科研服务,目标是成为一家提供个体基因组测序，个体化医疗咨询，健康信息管理，疾病诊断试剂盒等基因产品和服务的高科技公司。

基迪奥公司业务范围包括科研服务与精准医疗，科研服务主要围绕中心法则，进行基因组、转录组和蛋白质之间多组学互作贯穿分析，协助客户让研究更加全面和深入，例如构建小RNA、转录因子，编码基因调控网络。多组学的贯穿研究整合了目前生物学对单一基因或蛋白质的进行多层次研究的深度优势和组学研究的系统性优势，使得生物学研究从单一基因或蛋白质的研究转向多个基因或蛋白质同时进行系统的研究。新一代测序平台承载着基因测序产业的重任，它使人类进一步解读生命奥妙成为了可能。基迪奥生物目前拥有一批来自中国科学院等一流科研机构科研人员及从英国著名科研机构的归国成员，有多年生物信息分析实战经验的专业生物信息分析和研发团队。目前公司通过最先进的Illumina高通量测序平台、Ion Proton测序平台、PacBio RS测序平台、ABI3730常规测序平台和基于最新质谱技术的蛋白研究平台，为广大科研工作者提供最先进的组学研究和全方位的生物信息分析服务。

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