生信程序基础课节选

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生信程序基础

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老师介绍

  • 刘永鑫-中科院-宏基因组

    刘永鑫-中科院-宏基因组

    宏基因组学分析专家,粉丝数万、阅读百万的宏基因组公众号主编。
  • 陈同

    陈同

    中国科学院遗传与发育生物学研究所生物信息博士,从事生物信息分析十年经验,在国际顶级杂志Cell Stem Cell发表生物信息分析封面文章。
简  介 为了方便大家对生信程序基础知识的理解和应用,我们从Linux、R、Python基础课程中节选入门内容,整理成本合集,以飨大家。

为了降低学习生信编程的门槛,我们从这三门基础课中节选出部分基础和实战内容,汇总为一个新的生信程序基础课节选,方便大家学习接触基础知识也了解我们的讲练风格(报名线下课的朋友都可以在开课前通过这个了解一些基础,更好的辅助课程学习,费用我们承担)。

秉承书非借不能读也的原则,象征性收取25元的费用 (为了奖励行动派,我们会定期调价格,每次增加5元,也会有团购优惠)。(透露个小秘密:虽然视频是节选,但教案是完整的。)



从2017年11月份到2018年3月份,共进行了5次培训研讨活动,内容依次为转录组高级分析生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版应用Python处理生物信息数据和作图微生物组扩增子分析应用Linux处理生物信息数据和分析流程

从培训网站的课程顺序可以看到,最开始设计是从Linux开始的,随后是RPython,这是生物信息分析的三个基础课程。后面是针对各个专题分别讲述。希望通过这么一个循序渐进的过程,利用半年时间,3节基础课,1节专题课的学习可以熟悉一门操作,再加上半年的练习,就可以成为生信基础和某个专题有些心得和体会的生信能手。假以时日,通一而博它,都可以成为生信分析的高手。

转录组高级分析

但实际开课是从转录组高级分析开始的。转录组应用广泛、测序门槛低,只要手上有样品,提取、建库、测序,公司都可以搞定,价钱又实惠。因此对转录组分析有需求、对转录组结果解读有需求,对转录组如何设计有需求的朋友就会比较多。

转录组分析流程简明,易于理解,是学习高通量测序的一个好的入门课程。另外在清晰的框架后面,又隐藏着不少需要注意的细节,具体见转录组分析的正确姿势120分的转录组考题,你能得多少

转录组课程总体上是取得了不错的结果。前两天以集中讲练为主,在讲述了原理后,进行上机操作。大部分学员有一定的LinuxR基础,上手还都是比较快的。但也有一些共性的问题,比如一些步骤原理的理解不到位、一些软件的参数不太了解、对Linux路径概念不太熟悉、想修改参数又不了解其含义、不熟悉如何查找帮助等。

课堂上,在助教的帮助下,这些问题都得到了解决。但依然还会有部分问题会在后面5天的实战中和最后2天答疑中被反复提及。因此在最后的串讲和后期录制的视频中对这些问题进行了重点论述。

9天下来,总体感觉是大家都进步很大,对转录组分析的原理有了更深的了解、能独立完成流程操作,并拓展应用到自己的数据分析,更实现学以致用。5月份,我们再次开始了转录组分析课程,这次邀请了在三代转录组测序领域分析前沿自己开发过多个分析软件的美国爱荷华大学王老师,同时进行二代+三代的转录组分析。有需要的朋友,可以提前行动了。

微生物组扩增子分析

在3月份的微生物组扩增子分析中,整体换了一个思路。扩增子测序分析流程基于Usearch (大数据使用vsearch),安装方便,Windows、Mac和Linux都可以使用。在Windows下,配合Rstudiogitforwindows实现同时在Rstudio平台下运行Shell脚本流程R绘图。整体流程由多位经验丰富的老师根据自己的多年体会整理而来,更贴近分析的前沿。

在首次运行流程时,摒弃了以往让大家输入的模式,而是改为了在Rstudio界面下点击运行,完成整个流程的操作。由此带来的好处时,大家都可以很快亲自完成第一遍流程分析,在这一步操作时更多的是体会每一步要做什么,做了什么。有了整体的概念后,再走第二遍流程,可以输入或自己在点击运行,去理解每一个命令的含义。这样基础好一些的朋友对流程能有更深入理解,去探讨流程内的程序写作;基础弱一些的朋友则可以多次理解这个流程,并探讨如何把这个流程应用于自己的数据。

为了更好地方便学习和应用,我们写的流程自动化程度比较高,只需要按要求做好实验设计文件,就可以应用于自己的数据的分析。绘图脚本也提供了输入、输出和调整参数,另外还有在线工具可辅助出图 (www.ehbio.com/ImageGP)。这些脚本无论线上还是线下课程都是提供给大家的。

扩增子分析应该是目前最成功的一次研讨活动,学习热情高,收获知识多,适合不同基础的朋友学习。参与培训研讨的朋友有高校教授,副教授,他们水平本来就很高了,在相互交流互动中也解决了我们的一些知识盲点。我们在总结这次培训时,也决定在以后的课程设置中,更多考虑下课题的整体把握和解读,更好的升华实战操作带来的意义。

生信程序基础

本来,基本程序知识 LinuxRPython是用来帮我们提高效率的,但因为不熟悉,却成了不该存在的拦路虎。对基础程序的知识欠缺,一方面给基础操作带来了不少麻烦,使得本应该理解每一步操作的原理和输入输出的时候,却把时间花在了解决基本Linux操作上;另一方面,不会编程没有限制大家的想象力,却限制了实现能力。知道要做什么,却不能从提供的流程的脚本或命令中做下变通真正做出来。

因此就有了三期生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版应用Python处理生物信息数据和作图应用Linux处理生物信息数据和分析流程基础课,特色是从生信分析常见数据和需求出发,去讲述每一个技术的知识点和应用实践。

非专业类编程课程,更多的是程序语言自身出发,去讲解程序语言的特性和应用。这样是很系统,但也存在两个弊端:

  1. 涉及的内容太多,一次接受比较困难,而且有些内容也不是生信分析常用的;

  2. 离生信应用远些,并不能做到快速学以致用。学完后可以做提供的基础类练习题,却不能写出针对生信分析处理的命令和脚本。我们则希望通过这3期课程去解决这个问题。

小半年过去了,5期培训研讨活动结束了。一路走下来,收获很多友谊,也学到很多知识。当你在梳理如何把一个分析流程、一个分析细节说清楚的时候,你对这个事情的认识也上了一个台阶。有几个朋友一直伴随我们走过这个过程,有的一直在线下, 更喜欢面对面交流;有的因为人在外地,经过2-3次线下研讨后,后面通过我们的在线视频 (http://bioinfo.ke.qq.com)一起学习。感谢大家一直以来的信任、支持和陪伴。

为了降低学习生信编程的门槛,我们从这三门基础课中节选出部分基础和实战内容,汇总为一个新的生信程序基础课节选,方便大家学习接触基础知识也了解我们的讲练风格(报名线下课的朋友都可以在开课前通过这个了解一些基础,更好的辅助课程学习,费用我们承担)。秉承书非借不能读也的原则,象征性收取25元的费用 (为了奖励行动派,我们会每月调两次价格,每次增加5元)。如果您觉得有益,可以在购买每一门基础课时找我们索要8元优惠券,弥补相当于课程预览付出的费用。(透露个小秘密:虽然视频是节选,但教案是完整的。)

希望大家都能找到适合自己的学习方式,解决自己遇到的问题,更好地进行科学研究。

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* 课程提供者:陈同

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