生信Linux学习

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实战生信Linux

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老师介绍

  • 陈同

    陈同

    中国科学院遗传与发育生物学研究所生物信息博士,从事生物信息分析十年经验,在国际顶级杂志Cell Stem Cell发表生物信息分析封面文章。
简  介 Linux下文件和目录结构,服务器配置信息查看,常见错误和快捷操作,管道、标准输入输出,Linux下不同的软件安装方式以及环境变量释疑; Linux下命令组合和批量操作, awk、sed、for命令、vim和正则表达式用于复杂生信问题解决。常用生信工具emboss, sratoolkit, samtools, bedtools的使用介绍。windows下使用Linux。



《生信宝典》和《宏基因组》联合举办的生物信息系列9天实战班,历时5个月,已经顺利完成了4期,包括转录组分析 (高通量测序分析的基础课),R语言/Cytoscape绘图(数据可视化是解释数据不可缺少的一部分),Python编程 (每个人都应该会一门程序语言),微生物组扩增子测序分析 (当前最火的领域之一)。

顺着这个路子走下去,您再也不需要去提问 怎么入门生物信息哪儿有免费的视频课谁能分享下某某教程之类空洞无意义的问题了。只要从当下做起,选择对你最急迫的一个领域,切入进去,假以时日,您就是这个问题的合格回答者了。

Linux课程是我们最早应该开的课程,但考虑到两点:

  1. 关于Linux应该有不少在线教程,还有我们自己推出的生信Linux学习系列文章。如果真能跟着一步步走下去,学会是没有问题的。

  2. 只学习Linux,与真正去处理手头的数据还有一些差距。相当于只打好了地基,但看不到房子的样子,会有一些失落感。考虑到市面上3-4天的课程都可以囊括很多内容,而我们这种致力于精细细分的方式,粗看上去会给人不够有吸引力的感觉。(不过我们一直认为这是符合学习规律的,专一而博它。与其贪多嚼不烂,不如学多少,会多少。学通一个,每个课程都可以融汇贯通到其它课程的应用。)

综合以上两个原因,我们前几期并没有开Linux的课程,也没有这个打算。

但后来在培训过程中,在我们自己的讨论中,在于各位参加课程的朋友的交流中,我们意识到还是有必要开始这一基础课。

我们前面开过的课程都是零基础课,致力于服务于零基础的朋友们。转录组和微生物扩增子组分析会用到LinuxR命令,我们都安排了单独的课时进行必要的介绍,并每2-3人配备一位助教进行实战辅导。经过9天学习,都可以理解整个分析内容,走下整个分析流程,获得需要的结果和可视化图表,并能做一些融汇贯通。

但是基础好的朋友,可以更快地吸收学习内容,并拓展到自己的应用案例。用自己的数据,把课程教授的分析方法,转变为自己的分析方法,拓展出更多地应用,这样得到的效果其意义是很大的。

相反基础薄弱些的朋友,就需要一些时间在基础内容上。在自己的不断地尝试和老师们的帮助下,可以领会整个理论内容和实战流程。但实战的细节的变通性和自如性不免不足,需要后期继续花一些时间去巩固、学习、拓展。

为了尽量给参加的朋友们提高基础,我们会提前给参加的朋友提供Linux基础和R基础的学习资料和视频。无奈部分朋友手上有不少推不开的事情,比如实验啊,开会啊,应酬啊,很难能真正的抽出时间来认真看一看、学一学。只有把自己固定于一个远离之前生活圈的小屋子时,才可以不受打扰的去学习

这也是为什么集中培训获得的收获比单独视频课效果好很多的重要原因之一,不受干扰的环境的重要性。另外还有互动沟通,可以同时接受多个人的指导,与更多的人讨论等。不同想法的碰撞,不同角度的看待,是快速接受新知识的法宝。

另外一个原因,自己出钱买的东西,都是比较珍惜。我们的课程安排比较紧凑、学习压力比较大,毕竟一门分析压缩到几天去学通,是很大的工作量。有自己的金钱付出,在兴趣和必需完成的任务的基础之上,又多了一层约束。我们也发现,学习效果、投入时间都是跟金钱付出成正比的。(当然,我们收费也有为自己考虑的地方,好的师资、培训可持续性、场地、饮食、纪念品都需要费用维持。)

所以,我们觉得开启Linux课程是必要的,也希望有一样见解、想彻底学会生信分析的朋友加入。我们不只可以提供上述的合适的学习环境,还有我们经验丰富的老师和精心制作的教案,一定让您不虚此行。

课程开始于2018年3月24日,25日到4月1日,三段式培训,2天线下,5天自由练习,再2天线上下同时开始。地点是北京鼓楼。费用也是历史最低2399元

如果想自学,请参照如下自学目录
 

Linux 全介绍

* 课程提供者:易生信云课堂