使用R语言完成表达芯片处理全流程

首发于生信菜鸟团博客

早期目录如下：

第一讲：GEO，表达芯片与R

第二讲：从GEO下载数据得到表达量矩阵

第三讲：对表达量矩阵用GSEA软件做分析

第四讲：根据分组信息做差异分析

第五讲：对差异基因结果做GO/KEGG超几何分布检验富集分析

第六讲：指定基因分组boxplot指定基因list画热图

第七讲：根据差异基因list获取string数据库的PPI网络数据

第八讲：PPI网络数据用R或者cytoscape画网络图

第九讲：网络图的子网络获取

第十讲：hug genes如何找

视频假设大家有R语言基础。

重新委托录制基础视频，并且我也给出了更新版教程

更新版目录：

解读GEO数据存放规律及下载，一文就够

解读SRA数据库规律一文就够

从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够

GSEA分析一文就够（单机版+R语言版）

根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的

差异分析得到的结果注释一文就够