GEO数据库表达芯片处理之R语言流程

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张驰

张驰

博士在读,口腔正畸,南京医科大学 正畸科,江苏省口腔医院 江苏省南京市鼓楼区汉中路140号
曾健明

曾健明

生信菜鸟团博客博主,生信技能树创始人兼负责人。 生物信息学全栈工程师,立志于普及生物信息学知识。
简  介 包括如何从GEO下载数据,如何分组,两组直接如何找差异,差异基因如何去注释,包括GO/KEGG注释,还有特殊数据库,自定义数据库的注释,比如oncogene或者tumor suppress genes,TF的gene注释,还有GSEA软件的分析

使用R语言完成表达芯片处理全流程

首发于生信菜鸟团博客

早期目录如下:

第一讲:GEO,表达芯片与R

第二讲:从GEO下载数据得到表达量矩阵

第三讲:对表达量矩阵用GSEA软件做分析

第四讲:根据分组信息做差异分析

第五讲:对差异基因结果做GO/KEGG超几何分布检验富集分析

第六讲:指定基因分组boxplot指定基因list画热图

第七讲:根据差异基因list获取string数据库的PPI网络数据

第八讲:PPI网络数据用R或者cytoscape画网络图

第九讲:网络图的子网络获取

第十讲:hug genes如何找

视频假设大家有R语言基础。

重新委托录制基础视频,并且我也给出了更新版教程

更新版目录:

解读GEO数据存放规律及下载,一文就够

解读SRA数据库规律一文就够

从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够

GSEA分析一文就够(单机版+R语言版)

根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的

差异分析得到的结果注释一文就够

 

 

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* 课程提供者:创想知道生信课堂

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