GROMACS专题三:质心牵引(伞形采样)

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质心牵引伞形采样

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老师介绍

  • 聚睿教育-轩辕老师

    聚睿教育-轩辕老师

    中科院资深分子模拟专家,拥有丰富的专业知识和科学研究经验,长期从事该领域重大项目研究,具有深厚的技术底蕴和专业背景。
简  介 可以对目标分子在某个方向上施加一个力(比如进行撞击实验等),让分子沿着某个方向一直运动。从而计算在这运动过程中体系的围观性质。

【版本】
gromacs v5.1.2

【课程目录】
第一节:对目标结构进行预处理
第二节:进行质心牵引模拟
第三节:伞形采样计算PMF,得出结合自由能

质心牵引能做什么?

计算结合自由能
结合能(ΔG bind)可由一系列伞形采样模拟得到的平均力势(PMF, potential of mean force)导出. 在这个过程中会创建一系列初始构型, 每个构型与一个位置相对应, 其中待研究分子(通常称为”配体”)处于简谐势限制下, 与参考分子质量中心(COM)之间的距离借助伞形偏离势而逐渐增加. 这种限制可以使配体对构型空间中指定的区域进行采样, 采样沿它和参考分子或者结合部分之间的反应坐标进行. 为了能正确地重建PMF曲线, 采样窗口必须使配体位置有适当的重叠。
 
对目标分子进行牵引(拉伸动力学)
可以对目标分子在某个方向上施加一个力(比如进行撞击实验等等),让分子沿着某个方向一直运动。从而计算在这运动过程中体系的围观性质。
比如可以对金属条进行拉伸,研究其拉伸过程的微观动力学变化

【适用人群】 
1、GROMACS零基础
2、具备一定经验者
3、GROMACS爱好者
4、毕业设计需要

【咨询】
获取GROMACS相关学习资料,了解最新信息,请添加官方qq群:709020941

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* 课程提供者:聚睿创思