公开课课程大纲

• 生物信息数据处理环境搭建
  1. 服务器（虚拟机、HPC）
  2. 环境变量
  3. 软件安装（R,PERL,PYTHON,JAVA,MYSQL）
  4. 模块安装（R,PERL,PYTHON）
  5. 编辑器
• 生物信息学习资源介绍
  1. 宾夕法尼亚州立大学教授Istvan Albert
  2. 北大生物信息学公开课
  3. 斯坦福大学-计算生物学
  4. 斯坦福大学-遗传生物信息
  5. 德国柏林自由大学
  6. 美国明尼苏达大学生信课件
  7. TCGA的公开课及课件
  8. 其它大学网上课件分享
  9. 善用Google
  10. 善用关键词查综述看文献
• 常用生物信息软件
  1. Web-app: webGO/David/SMS2/
  2. Basic: bioEDIT/mega/clustalw/blast/blast++/fastqc/SRA-toolkit/SolexaQA/NGS-QC-toolkit/bedtools/circos/cytoscape/Emboss/ cutadapt/fastx/
  3. Snp-calling: BWA/Bowtie2/samtools/picard/GATK/varscan/freebayes/bcftools/annovar/samStat/snpEFF/VEP/
  4. RNA-seq: RseQC/tophat2/STAR/Hisat/htseq/cufflinks/cummedund/edgeR/DeSeq/Trinity/TransDecoder/GMAP
  5. Evolution: muscle/figtree/PhyML/seq2HLA/Plink/
  6. Other: LiftOver/ PICNIC/mutsig/Matlab MCR/tRNAscan-SE/FLASH/igBlast/IGV
  7. R语言软件：GEOquery/affy/limma/ GOstats/ConsensusClusterPlus/SPIA/ seqinr/ AnnotationHub/biostring/ GEOmetadb/biomaRt/ DawnRank
• 数据处理脚本实例
  1. Perl：snp格式化，coverage，depth，简并碱基，模糊匹配，多重循环，点突变分类，二分法查找，爬虫，mutation上下文，模块，操作excel和pdf，bowtie仿写
  2. R： 进度条，并行计算，T检验，hclust，apply系列函数，批量下载，韦恩图，3D条形图，Go分类图，reshape，dplyr，shinny
  3. Shell：qsub，wget，while, for
• 知名生信数据资源库简介
  1. NCBI
  2. EMBL-EBI
  3. UCSC
  4. sanger Institute
  5. BroadInstitute
  6. TCGA
  7. 1000 genome
  8. hapmap
  9. CCLE
  10. 物种官网
  11. ENCODE
  12. ExAC 61,486 Exomes
  13. 一些国家地区的基因组计划
• 介绍生物信息综合项目
  1. 下载NCBI的entriz数据并保存到本地数据库
  2. 做一个简单的基因ID转换工具
  3. 外显子数据分析
  4. 转录组数据分析
  5. 芯片数据表达差异分析
  6. 功能通路富集分析
  7. 数据库api（url）
• 研究领域细分
  1. 癌症
  2. 糖尿病
  3. 自闭症