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本课程主要介绍如何利用MapMan实现基因的功能注释,绘制相应的通路图并于通路图上显示出map到的基因的表达量情况。主要内容涉及:
1、MapMan的安装
(软件安装与首次启动后文件的下载)
2、相关主体文件的介绍
Experiments ——samples data 实验方式获得的表达数据或者差异表达的log2FC等等;
pathways—— MapMan 注释通路分类对应的通路图片显示文件,涉及具体的图片和图片相关的xml文件;
Mappings ——MapMan提供的模式植物,或用户自己通过注释获得的mapping文件,具体内容为相关基因在不同通路上的注释情况,在通路上具体map到的位置。
3、可视化操作
获取相关文件导入并结合具体通路查看基因的注释情况,并显示出相关基因的表达情况。