转录组高级分析培训班
课程简介
转录组分析是目前应用最广的高通量测序分析技术。常见设计是不同样品之间比较，寻找标志基因、协同变化基因簇、差异剪接和新转录本，并进行结果可视化、功能注释和网络分析。
本课程将从高通量测序的原理开始，结合课题目的、技术优劣和实验细节讲解如何合理地设计课题 (比如避免批次效应)。随后一条龙式讲解转录组分析流程和实战数据下载、标准分析、结果筛选、定制作图、文章排版、结果解读等分析过程。
课程实行三段式教学
第一阶段 (2天) 线下讲解实战
第二阶段 (5天) 自行观摩视频练习完成任务
第三阶段 (2天，可线上线下同时) 集中串讲、答疑、考核
本次培训需要一定的Linux和R语言的基础。在课程实际操作开始前，会带领了解Linux系统，回顾一些常用的命令，但不会做系统的培训。由于时间有限，重点放在转录组分析上、理解每一步做什么、为什么这么做、能获得什么结果以及遇到问题时如何解决。
线下课程采用半封闭式培训模式，最大化时间的利用率和培训的延续性，并采用讲-练-答的三段式模式，提高了个人实际操作、发现问题的机会。培训结束时需要每个人提供基于分析获得的图表和数据文档作为课程修完的证明，并进行考核 (考核目前只针对线下培训)，完成考核者可得结业证书。
学生在报名到第三段培训结束前都可以提出自己想要关注的知识点，列出自己想要解决的问题，培训时可针对性的予以解释。培训结束后，在讨论群的问题会优先回答。
具体课程流程
| 主题 | 内容 |
|---|---|
| 转录组研究概述 | 高通量测序的发展及其比较、测序原理、实验设计原则及需要特别注意避免的错误行为、转录组研究的发展历史及趋势、转录组分析的基本流程和工具选择，测序公司提供的结果如何读，Linux热身，R热身 |
| 转录组分析实战 | 转录组数据下载、质量控制、基因组和基因注释下载，序列比对，结果可视化，转录本拼装，基因表达量计算，差异基因分析和功能注释，聚类分析，系列图绘制，个性化分析，结果解读 |
| 自行观摩视频、练习一周 (可在北京，也可回原地；若在北京，会提供场地) | |
| 综合讲解和答疑 | 再次讲解分析流程和内容，并答疑 |
| 答疑和考核 | 答疑和考核，颁发证书 |
适合学员
1. 有一定的Linux和R基础。自行判断标准：运行过Linux命令和R命令。2. 对转录组有概念性了解。自行判断标准：阅读过2篇以上转录组文章。若无，建议提前阅读。
3. 最好手头有数据 (自己测序或在线下载的)，有分析需求，方便针对自己的数据进行练习操作。
4. 有学习转录组分析的决心和时间安排。
主讲教师
陈同博士，2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所，生物信息专业，在Cell Stem Cell，NAR等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章，运营有数万关注度的《生信宝典》微信公众号。-
Chen Tong*, Hao Ya-Juan*, Zhang Ying*, Li Miao-Miao*, Wang Meng, Han Weifang, Wu Yongsheng, Lv Ying, Hao Jie, Wang Libin, Li Ang, Yang Ying, Jin Kang-Xuan, Zhao Xu, Li Yuhuan, Ping Xiao-Li, Lai Wei-Yi, Wu Li-Gang, Jiang Guibin, Wang Hai-Lin, Sang Lisi, Wang Xiu-Jie, Yang Yun-Gui, and Zhou Qi. (2015) m6A RNA methylation is regulated by microRNAs and promotes reprogramming to pluripotency. Cell Stem Cell 16, 289–301 (cover story)
-
Cui Yi*, Xiao Zhifeng*, Chen Tong*, Wei Jianshu, Chen Lei, Liu Lijun, Chen Bing, Wang Xiujie, Li Xiaoran, and Dai Jianwu. (2014) The miR-7 identified from collagen biomaterial based 3-D cultured cells regulates neural stem cell differentiation. Stem Cells and Development 23, 4: 393-405. (*co-first author)
-
Wu Hua-Jun*, Ma Ying-Ke*, Chen Tong, Wang Meng and Wang Xiu-Jie. (2012) PsRobot: a web-based plant small RNA meta-analysis toolbox. Nucleic Acids Research 40:W22-W28.
助教团队
十余名科学院、清华、北大硕士、博士，轮值讲师和助教，辅助学员学习和矫正教授过程中不足的点。部分教案如下，报名可下载完整电子版。
培训网址 mp.weixin.qq.com/s/i71OMaUu6QtcY0pt1njHQA
